圣方济各小堂建于1928年，这座小教堂的建筑形式类似澳门一般教堂的巴罗克式建筑。教堂的外墙为白色，椭圆形窗户及一座钟楼，教堂前有一座纪念碑，以纪念当地1910年战胜海盗一役。
教堂内本有一银色骨箱，自1978年起移入，箱内盛载着圣方济各的手骸圣镯，现时已被送到圣若瑟修院收藏。圣方济各在四百多年前跟随传教士自日本到达中国南部沿海，1552年于澳门附近的一个小岛逝世。此外，原本存在教堂内并存有1835年大三巴圣堂火灾所遗下59位日本籍及14位越南籍死者的圣镯，就被移到大三巴牌坊后的天主教艺术博物馆内。
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